3月3日，按照市人大常委会工作安排，孙秀云肩负起丰满区、高新区核酸采样检测督导工作。接到任务后，她迅速落实工作部署，并第一时间深入一线、靠前督导。她先后7次前往核酸检测点实地督导检查，并且多次自驾车进行暗访，确保了解掌握核酸检测“采、送、检、报”等工作情况。通过一系列的“明察暗访”，她发现并改进采样工作的相关问题达11项，并协调有关部门解决了核酸采样使用的阿麦客软件的卡顿问题，大大提升了检测工作效率。

3月11日，根据市委工作安排，孙秀云转为承担第二方舱医院和第三方舱医院的督导工作。她带领分管部门第一时间实地察看了两家方舱医院的建设和运行情况。当时，第三方舱医院正在建设中，为了使其能够按期交工使用，她一天两次亲临施工现场，督促施工进度，规范施工标准和流程，争分夺秒推进方舱医院建设。同时，她又对方舱医院医疗救治、消杀通风、供暖消防、分类隔离、中药干预、心理疏导等工作进行细致的安排部署。当发现医院存在取暖设备多、消防设备少等问题时，她立即组织整改，同时协调市消防大队防火监督员与方舱医院负责安全工作人员对接，落实医院每日防火指导、检查工作，并派驻前置执勤力量24小时在方舱医院外围全天候驻点保卫，为方舱医院的消防安全保驾护航。

3月下旬，第七、第八方舱医院紧急开舱，第三、第二方舱医院团队整体迁移接管第七、第八方舱医院。两家医院搬迁，各项工作难度成倍增加，面对人手不足、物资短缺、感染系数增加等重重难题，孙秀云一面积极协调解决推进，一面整合专委会委员资源，为两家方舱医院筹集防疫物资。在她的带领下，短短3天，第七方舱医院1185张床位，第八方舱医院4舱8层2256张床位几乎全部收满，极大地缓解了当时市里疫情防控工作严峻态势，为疫情防控攻坚战的胜利奠定了坚实基础。

3月15日，国务院副总理孙春兰、国家卫健委主任马晓伟同志前往第二方舱医院视察，对医院开展的各项工作给予了高度肯定；3月20日，省人大常委会副主任张焕秋带队实地督导第二方舱医院，对医院运行情况表示了充分认可。